黄芩泻中上焦实火，因胃火上壅而致的咽痛、牙痛、口腔溃疡、扁桃体肿痛、膈间闷热、大便干结、肺热咳嗽等症，可用本品清热泻火，常与生地黄、玄参、连翘、黄连、生大黄等同用。兼有外感表证的，可加荆芥、薄荷；咳嗽较重的，可加桔梗、瓜蒌、杏仁、枇杷叶等。

黄芩还能清热燥湿，可以广泛应用于各种湿热病证。例如：湿温、黄疸、痢疾、热淋等。治疗痢疾时，常用黄芩和白芍配伍，黄芩味苦，白芍味酸，酸苦涌泄为阴，痢疾时需要让湿热浊气尽快涌泄出去，用黄芩和白芍不仅能起到酸苦涌泄为阴的作用，白芍为酸性，酸性收敛，把好的东西收住，配合黄芩清热燥湿，把湿热的病因清除。对中焦湿热郁蒸而致的黄疸（阳黄），也常用本品与黄柏、栀子、茵陈、猪苓、泽泻、车前子等同用。

黄芩善于泻火解毒，心肺在人体中的位置最高，阳气最多，容易积累邪热，火性炎上，内火常往心肺走，所以最容易生热，黄芩入心肺，能清热。黄芩既能清热泻火，也能清热解毒；作为清热泻火药，黄芩归心肺经，尤其擅长清肺热，对于肺热咳嗽，用黄芩一味药就是清金散。但是要注意，肺里有实热才能用它来清，如果是肺受外感之邪，应该通过解表的方式，打开毛孔腠理，通过出汗的方式把热往外宣散。

黄芩清少阳邪热，病邪居于少阳而出现寒热往来、口苦咽干、胸胁苦满、食欲不振、恶心欲呕等症，可以黄芩配柴胡、半夏、生姜、甘草、党参等（如小柴胡汤）。

黄芩止血，准确的说应该是凉血止血，因为黄芩可以清热，所以黄芩主要用于热邪侵扰，迫血妄行的出血，例如肺热导致的咳血。黄芩的安胎作用也是一样，主要针对热邪壅盛导致的胎动不安，而肝肾亏虚，不能充养胎元的情况，是不能用黄芩的。常用的组合就是黄芩合白术安胎。妇女妊娠，因胎热不安而出现恶心呕吐、心中烦热、口中吐水、腹部不适、饥不欲食等症，可以黄芩配竹茹、橘皮、生姜、黄连、紫苏梗、茯苓等。因为黄芩以走上焦为主，不会去下焦伤胎，比较平和，配合白术健脾、安胎，治疗胎热造成的胎动不安效果很好，

黄芩酒炒偏用于泻肺火，治上焦湿热；黄芩炭可用于各种热性出血。

据现代研究报道，黄芩有退热及利尿作用，可降低血压，对痢疾杆菌、伤寒杆菌、大肠埃希菌、百日咳杆菌、葡萄球菌、溶血性链球菌、肺炎球菌等皆有抗菌作用，对流感病毒有一定的抑制作用。用量一般为3-9g。