1953年，他与数位名中医组建漳州第五联合诊所。1959年，国家接收改制升格为龙溪专区中医院，陈溪南任眼科主任。1964年，荣获福建省名老中医称号，被福建省中医研究所特聘为该所特约研究员。1978年任福建省第四届政协委员。

经六十多年临床实践，积累了丰富的经验，自配外用药如清凉眼药散、四精膏等，疗效极佳。对眼科常见病、如麦粒肿、流行性结膜炎、泡疹性结膜炎等、自拟单方验方治疗，有立竿见影的效果。对角膜溃疡、中心性视网膜炎、急性视神经炎等，采用辨证分型、立方施治，疗效显著。对现代眼科学之疑难重症，如眼外伤、青光眼、交感性眼炎、树枝状角膜炎、白内障、单纯性视神经萎缩、视网膜色素变性、视网膜脉络膜裂伤、视网膜中央静脉栓塞等疾患，经陈老中医精心施治，常获奇效，故蜚声闽南，被誉为“眼科仙”，在眼科界享有很高的声誉。

陈溪南晚年，毫无保留地献出治疗各种眼科疑难病症有显著疗效的治疗方药，整理成《陈溪南眼科经验》一书，1980年出版发行。1979年2月26日，陈溪南老中医不幸病故，享年75岁。